大学名の由来は、19世紀のメリーランド州の慈善家、ジョンズ・ホプキンスに由来します。ホプキンスはクエーカー教徒にルーツを持ち、ボルティモアとその周辺の公衆衛生と教育の橋工場を信条とした起業家でもありました。彼は遺言で孤児院や大学設立のために莫大な資産を残すと書き残しており、それまでのアメリカの歴史のなかで最大の慈善遺贈となりました。ホプキンスの死後3年が経った1876年、ジョンズ・ホプキンス大学は開学しました。初代学長のダニエル・コイト・ギルマンは就任時の演説で「学生を教育し、生涯学習の能力を養い、独立した独創的な研究を育成し、発見の恩恵を世界にもたらす」とアメリカの研究大学におけるモデルを定義し、それは今日でも大学の使命であり続けています。志を同じくする学生が世界中から集まり、さまざまな分野において同大学は秀でた才能を輩出しています。