UCサンディエゴは、1960年に世界最大規模かつ最古の地球科学と海洋の研究組織である研究機関のスクリップス海洋研究所の近くに設立されました。しかし、キャンパスの歴史は1800年代後半から始まっています。UCバークレー校の動物学者たちは、海洋研究にサンディエゴのラホヤ地域が非常に適していることを発見し、施設を建設しました。この施設は、のちに1912年にカリフォルニア大学の一部となり、最終的にサイクリプス海洋学研究所と名付けられました。そして、1950年代後半、カリフォルニア大学がこの地域に総合キャンパスを設置することを決定した際、サイクリプス海洋学研究所が新しいキャンパスの中心となりました。UCサンディエゴはカリフォルニア大学システム（UC）のひとつであり、7番目に古いものとなります。アメリカ東海岸の名門私立大学連盟アイビーリーグと同じ水準の教育を受けることができる公立大学群パブリック・アイビーの一校として名を連ねています。