ビンガムトン大学は、1946年にトリプルシティーズカレッジとしてニューヨーク州エンディコットに設立されました。同校はニューヨーク州ブルーム郡エンディコット村に私立シラキューズ大学の分校としての開校となりました。1950年ニューヨーク州立大学機構の一部となり、名称はロバート・ハーパーにちなんでハーパー・カレッジとなりました。1965年にニューヨーク州立大学機構内で同校が総合大学の一つに選出されたことから、名前を現在のThe State University of New York at Binghamtonとしました。その後、いくつかの大学を吸収するもハーパー・カレッジの基礎であったリベラルアーツ・カレッジとしての特性を保ち続けました。1967年には先進技術大学院が設立され、2020年にトーマス J. ワトソン工学応用科学大学院となりました。1992年以来、同校はSUNYシステムとの差別化に努め、「ビンガムトン大学」または「ビンガムトン大学、ニューヨーク州立大学」とブランド名を変更しています。